「Cypher」には、特殊技能と呼ばれる強力な技術の集大成が存在します。それぞれの特殊技能には、２１かそれ以上の奥義が存在し、技能の成長によってこれらの奥義を修得していくことができます。（ただし、例外となる特殊技能も幾つか存在します。）
これら奥義の能力は、使い手の戦闘能力を高めたり、敵に致命的な打撃を与えたりするものが主流であり、戦闘以外では使用できる場面が限られますが、こと戦いに関しては呪文をも凌ぐ威力を発揮します。「Cypher」世界における戦闘の花形が奥義の使い手であることは、疑いようのない事実です。
「オールマイティ」
この技能を持っていると、特殊技能以外のすべての冒険技能を、この技能一つで代用することができます。ただし、修得に必要なポイントが非常に高いため、高いレベルに成長させることが非常に困難であり、この技能を持つ者は器用貧乏となりかねません。
「カードマジック」
カードに対応した魔法力をタロットカードの中に封じ込めることによって、２１系統すべての魔術を操ることができる非常に便利な特殊技能です。ただし、呪文の使用回数に大きな制限を受けてしまうという欠点があります。
「剣術」
反身の刃を持つ武器“太刀”の使い手達によって東方より伝えられたフレア大陸最強の武術一つです。この特殊技能によって修得できる代表的な奥義には、最初の一撃にすべてをかけ強烈な打撃を叩き込む“一の太刀”や神々すらも滅ぼす剣術の最終奥義“冥界送り”などがあります。
「呪歌」
聞くものの精神に影響を与える魔法の力を秘めた歌を操る技です。この特殊技能によって修得できる代表的な奥義には、聞く者を眠りに誘う“眠りの歌”や聞く者からすべての秘められた力を引き出し無敵の戦士と化す“凶戦士の歌”などがあります。
「呪符魔術」
「剣術」や「忍術」などと同様、東方より伝えられた秘術の一つです。“呪符”と呼ばれる魔力の込められた札によって、数々の奇跡を成すことができます。この特殊技能によって修得できる代表的な奥義には、術者に従う呪符獣を作り出す“召獣符”や呪符を張った者を鬼神と化す“鬼面符”などがあります。
「占星術」
夜の星空を眺め、その動きを測ることによって未来を占う技です。奥義といったものは存在しませんが、この技の成否によって未来の出来事を断片的に知ることができます。
「蒼天弓」
遠方や乱戦の中でも正確に敵を射抜く伝説の弓術です。この特殊技能によって修得できる代表的な奥義には、使い手の弓より魔力の矢を生み出す“魔弓”や複数の矢を一度に乱射する“乱れ撃ち”などがあります。
「退魔槍術」
この特殊技能は、人よりはるかに強大な存在であるモンスターの弱点を見抜き、その弱点をついて魔物を仕留めるための奥義の集大成です。この特殊技能によって修得できる代表的な奥義には、魔獣に対する戦闘力を飛躍的に高める“ハンティングデモニックモンスター”や敵の攻撃を回避したとき瞬時に反撃を行う“カウンタースラスト”などがあります。
「ディスティニィスマイル」
『運試し』によって様々な効果をもたらす混沌の秘術です。この特殊技能によって修得できる代表的な奥義には、幸運に恵まれれば飛躍的に能力が高まる“ラッキーセブン”や何が呼び出されるかまったく分からない召喚術“ラッキーサモニング”などがあります。
「闘武術」
素手で武器を持った相手と互角以上に渡り合うために生み出された総合格闘術です。この特殊技能によって修得できる代表的な奥義には、気を高めることによって一時的に筋力を倍増する“闘気功”やあらゆる防御を貫いて打撃を浸透させる“錬気功”などがあります。
「忍術」
東洋の暗殺術と呪術を統合したミステリアスな秘術です。この特殊技能によって修得できる代表的な奥義には、炎を吹き上げ敵を火達磨にする“火遁の術”や身代わりによって敵の攻撃を回避する“空蝉の術”などがあります。
「風水術」
風や水の流れや地脈の動きによって物事の吉凶を占う特殊です。この特殊技能によって修得できる代表的な奥義には、目標を不運のどん底に陥れる“不運付与”や物事の運気の流れを変化させる“運気操作”などがあります。
「フォーメーション」
部隊のリーダーとなって特殊な陣形を組み、部隊単位の戦闘を有利に運ぶ特殊技能です。戦術の上位に当たる技能です。この特殊技能によって修得できる代表的な奥義には、味方全員が防御を捨て攻撃に専念する“振るアタックフォーメーション”や味方全員の力を一人に集め、一人の力を飛躍的に高める“ヒロイックフォーメーション”などがあります。
「フラーナフィスト」
聖女フラーナ＝レイチェルの手によって編み出された伝説の格闘術です。この格闘術は、フラーナガーダーと呼ばれる特殊な武具による防御と、数々の蹴り技によって構成されています。この特殊技能によって修得できる代表的な奥義には、満月のごとき軌跡を描く左右２連続の回し蹴りを叩き込む“フルムーン”や目標に対して無数の奥義を連続して叩き込む“ブラッディダンス”などがあります。
「魔法剣」
剣に魔法の力を込めることによって、剣の力を最大限に引き出す特殊技能です。この特殊技能によって修得できる代表的な奥義には、武器に閃光の魔力を与え強烈な一撃を与える“シャイニングブレード”や不可視の刃によって回避不能の一撃を加える“インビジブルブレード”などがあります。
「マリオネット」
魔力の込められた特殊な人形《DOLL》を作成し、それを操ることができる技能です。この技能を持つ術者の操る《DOLL》は、まるで生きているかのごとく動きます。この特殊技能によって修得できる代表的な奥義には、作り出した魔人形を自在に動かす“コマンドドール”や遠く離れた場所にある魔人形を術者の元に召喚する“サモニングドール”などがあります。
「妖精召喚」
妖精界より妖精達を召喚し、自らの友とする技能です。この特殊技能に奥義は存在しませんが、友となった妖精達は、この技の使い手とともにあり、いつでも妖精界から駆けつけて力を貸してくれます。
「ラストコール」
引いたタロットカードによって無差別に即死させる恐怖の秘術です。この秘儀には原初のイモータル『ウォルタン』が関わっているとも言われ、不可思議かつ強力な奥義が揃っています。この特殊技能によって修得できる代表的な奥義には、その代名詞とも言える無差別殺戮奥義“ラストコール”やヴァルハラより聖なるヴァルキリーを召喚する“ヴァルキリーコール”などがあります。
「竜騎乗」
竜を調教し、調教した竜を操るための技能です。この技能に奥義は存在しませんが、その代わり強大な竜族を従わせ、自らの配下とすることができます。
「レッスル」
関節技と投げ技を中心に作られた対人格闘術です。優れた「レッスル」の使い手は、一瞬にして敵の全身の骨を砕いてしまうと言われます。この特殊技能によって修得できる代表的な奥義には、目標に組み付き行動を封じるとともに投げ技の準備状態を作り上げる“グラップル”や投げた敵を即死させることができる脅威の投げ技“スプラッシュマウンテン”などがあります。